在肽组学（peptidomics）研究中，数据分析不仅是实验流程的终点，更是生物学发现的起点。与蛋白组学相比，肽组学聚焦于内源性肽段，具有分子量小、修饰复杂、功能多样等特点，数据处理面临更高的挑战。在肽组学（peptidomics）研究中，随着算法进步与质谱性能提升，肽组学正快速走向精准化、系统化。选择合适的数据分析工具，是科研成功的关键一环。肽组学研究亟需专业的软件工具来实现高灵敏度、高特异性的数据解析。科研人员常根据研究目标、样本类型和分析深度选择不同的肽组学数据分析工具。

一、数据库检索型工具 (Database Search Engines)

1、Mascot

（1）简介：最早的肽/蛋白质谱数据序列库搜索引擎，基于概率模型，从 MS/MS 谱匹配序列。

（2）优点：广泛使用、稳定成熟、支持多种 PTMs，免费在线查询。

（3）局限：本地版更新慢，收费；DDA 聚焦，不擅长 DIA/SWATH 定量或 de novo 序列。

（4）科研建议：适合经典肽数据库搜索，但若想结合 DIA 定量或非参考数据库序列，建议配合其他工具使用。

2、MassMatrix

（1）简介：高精度数据库搜索引擎，优势在于高质量数据下的 FDR 判别和双硫键识别。

（2）适用场景：肽组中关键信号肽或复杂修饰肽监测，尤其研究天然肽或跨链交联时推荐使用。

二、深度学习 & de novo 序列分析工具

1、DeepNovo Peptidome

（1）简介：基于深度学习的 de novo 序列预测工具，可处理数据库搜索、homology-based 或纯 de novo 情况，增加 CAA% 指标评估。

（2）优点：无需参考序列库，适用于新肽、突变肽、内源性肽组鉴定。2025 版加入离子迁移谱预测，肽谱精准度更高。

（3）科研建议：适合用于免疫肽组、neoantigen 鉴定等高创新性研究，推荐结合数据库搜索进行综合验证。

2、ContraNovo（对比学习 de novo）

（1）简介：2023 年提出 contrastive learning 机制增强 de novo 序列准确率，对比 DeepNovo 提升明显。

（2）优势：标签谱库少也能准确序列识别，适合肽谱未知性强、突变多样样本。

三、肽组学数据分析定量 & 可视化平台

1、OpenMS

（1）简介：开源 C++/Python 平台，支持超过 100 种处理模块，支持 DDA、DIA/SWATH、标签定量、定量可视、跨组分析等。

（2）优势：模块化 pipeline 构建灵活，支持 pyOpenMS 编程接口，且完全免费，适合大型项目高通量自动分析。

（3）科研建议：作为主干平台搭建复杂分析流程（包括质控、定量、统计）是极优选择。

2、Skyline

（1）简介：Windows 平台主打定量肽/小分子 MS 数据处理，支持 SRM、PRM、DIA workflows，图形界面友好。

（2）优势：定量功能强大，社区用户广泛，尤其适合定向验证实验结合 MRM、PRM 策略。

3、ProteoWizard

（1）简介：通用数据格式转换与预处理工具，提供 msConvert、mzML 格式标准化（肽组分析的第一步）。

（2）科研建议：任何肽组或蛋白组分析，建议首先用其格式转换并确保输入一致，可无缝对接 OpenMS、Skyline、SIRIUS 等平台。

4、Peptimetric

（1）简介：专注肽组数据间差异的定量可视分析平台，适合探索性研究。

（2）优势：简单易用，快速找到样本间差异性，适合初步数据探索阶段使用。

四、肽组学数据分析AI驱动平台

1、Spectronaut（Biognosys）

（1）简介：专注 DIA proteomics 的AI增强商业平台，支持 directDIA，无需谱库，自动量化和报告生成。

（2）优势：处理速度快，可视化全面，厂家支持优。

（3）适用人群：需高通量、快速产出报告、无需自己构建 pipeline 的企业和实验室。

2、MSBooster + FragPipe

（1）简介：FragPipe 平台中嵌入 MSBooster 模块，利用 DL 模型提升 RT、MS/MS 强度预测，从而优化 PSM 打分。

（2）优势：免费整合 DL 模型，提升数据库搜索准确性，尤其适合复杂样本或 DIA 数据分析。

五、辅助 & 结构注释工具

OpenMS + SIRIUS

（1）说明：SIRIUS 专注小分子结构鉴定，不直接识别肽，但其 isotope pattern + fragment tree 建模经验可用于某些 PTM 或交联分析。

（2）科研建议：建议用于辅助验证修饰型肽的结构，而非核心肽组任务。

六、2025年最新趋势与 Benchmark 发布

1、免疫肽组 Benchmark 报告（生信 vs 数据平台）：最新 bioRxiv 报告比较多款工具在 DDA-PASEF 免疫组学上的表现，为科研选型提供实证参考。

biorxiv.org

2、深度学习辅助模型+对比学习 de novo：例如 ContraNovo，提升未知/NeoANTIGEN 肽的序列准确率，未来肽组创新空间大。

七、肽组学数据分析：科研人员推荐首选配置

八、总结建议

对于科研用户而言：

1、若需要稳定高通量数据库搜索，Mascot/MassMatrix + Skyline/OpenMS 是主流选择

2、若追求创新型肽序列识别与验证，则建议选用 DeepNovo Family、ContraNovo + FragPipe/MSBooster + OpenMS

3、若有商业预算、追求自动化、高通量与可靠支持，可考虑 Spectronaut

在实行肽组学数据分析流程时，百泰派克生物科技凭借其：提供全流程 质谱样本前处理及 LC-MS/MS 检测服务，覆盖从样本到 raw 数据；拥有整合 ProteoWizard + OpenMS pipeline 的标准化、一体化 bioinformatics 平台，保障分析稳定可复现；拥抱创新，研发中已引入 DeepNovo 和 ContraNovo 的 de novo 深度学习模型，专门用于免疫肽组 / neoantigen 鉴定；提供定制化 Spectronaut 与 FragPipe+MSBooster 优化服务，结合客户需求灵活定制肽组实验方案。在百泰派克生物科技，我们构建了一整套覆盖样本前处理-质谱采集-数据解析-生物学解读的一体化肽组学服务平台。百泰派克生物科技推荐为用户提供从样本到结果的一体化解决方案，兼顾稳定性、先进性与服务质量。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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